常感时浇薄，慕尚敦笃，乃作《崇厚论》。其辞曰：
　　夫俗之薄也，有自来矣。故仲尼叹曰：“大道之行也，而兵不与焉。”盖伤之也。夫道者，以天下为一，在彼犹在已也。故行违于道则愧生于心，非畏义也；事违于理则负结于意，非惮礼也。故率性而行谓之道，得其天性谓之德。德性失然后贵仁义，是以仁义起而道德迁，礼法兴而淳朴散。故道德以仁义为薄，淳朴以礼法为贼也。夫中世之所敦，已为上世之所薄，况又薄于此乎！
　　故夫天不崇大则覆帱不广，地不深厚则载物不博，人不敦痝则道数不远。昔在仲尼不失旧于原壤，楚严不忍章于绝缨。由此观之，圣贤之德敦矣。老氏之经曰：“大丈夫处其厚不处其薄，居其实不居其华，故去彼取此。”夫时有薄而厚施，行有失而惠用。故覆人之过者，敦之道也；救人之失者，厚之行也。往者，马援深昭此道，可以为德，诫其兄子曰：“吾欲汝曹闻人之过如闻父母之名。耳可得闻，口不得言。”斯言要矣。远则圣贤履之上世，近则丙吉、张子孺行之汉廷。故能振英声于百世，播不灭之遗风，不亦美哉！
　　然而时俗或异，风化不敦，而尚相诽谤，谓之臧否。记短则兼折其长，贬恶则并伐其善。悠悠者皆是，其可称乎！凡此之类，岂徒乖为君子之首道，将有危身累家之祸焉。悲夫！行之者不知忧其然，故害兴而莫之及也。斯既然矣，又有异焉。人皆见之而不能自迁。何则？务进者趋前而不顾后，荣贵者矜已而不待人，智不接愚，富不赈贫，贞士孤而不恤，贤者厄而不存。故田蚡以尊显致安国之金，淳于以贵势引方进之言。夫以韩、翟之操，为汉之名宰，然犹不能振一贫贤，荐一孤士，又况其下者乎！此禽息、史鱼所以专名于前，而莫继于后者也。故时敦俗美，则小人守正，利不能诱也；时否俗薄，虽君子为邪，义不能止也。何则？先进者既往而不反，后来者复习俗而追之，是以虚华盛而忠信微，刻薄稠而纯笃稀。斯盖《谷风》有“弃予”之叹，《伐木》有“鸟鸣”之悲矣！
　　嗟乎！世士诚躬师孔圣之崇则，嘉楚严之美行，希李老之雅诲，思马援之所尚，鄙二宰之失度，美韩稜之抗正，贵丙、张之弘裕，贱时俗之诽谤，则道丰绩盛，名显身荣，载不刊之德，播不灭之声。然后知薄者之不足，厚者之有余也。彼与草木俱朽，此与金石相倾，岂得同年而语，并日而谈哉？
　　穆又著《绝交论》，亦矫时之作。
　　梁冀骄暴不悛，朝野嗟毒，穆以故吏，惧其衅积招祸，复奏记谏曰：
　　古之明君，必有辅德之臣，规谏之官，下至器物，铭书成败，以防遗失。故君有正道，臣有正路，从之如升堂，违之如赴壑。今明将军地有申伯之尊，位为群公之首，一日行善，天下归仁，终朝为恶，四海倾覆。顷者，官人俱匮，加以水虫为害。京师诸官费用增多，诏书发调或至十倍。各言官无见财，皆当出民，搒掠割剥，强令充足。公赋既重，私敛又深。牧守长吏，多非德选，贪聚无猒，遇人如虏，或绝命于箠楚之下，或自贼于迫切之求。又掠夺百姓，皆托之尊府。遂令将军结怨天下，吏人酸毒，道路叹嗟。昔秦政烦苛，百姓土崩，陈胜奋臂一呼，天下鼎沸，而面谀之臣，犹言安耳。讳恶不悛，卒至亡灭。昔永和之末，纲纪少弛，颇失人望。四五岁耳，而财空户散，下有离心。马免之徒乘敝而起，荆扬之间几成大患。幸赖顺烈皇后初政清静，内外同力，仅乃讨定。今百姓戚戚，困于永和，内非仁爱之心可得容忍，外非守国之计所宜久安也。夫将相大臣，均体元首，共舆而驰，同舟而济，舆倾舟覆，患实共之。岂可以去明即昧，履危自安，主孤时困，而莫之恤乎！宜时易宰守非其人者，减省第宅园池之费，拒绝郡国诸所奉送。内以自明，外解人惑，使挟奸之吏无所依托，司察之臣得尽耳目。宪度既张，远迩清壹，则将军身尊事显，德燿无穷。天道明察，无言不信，惟垂省览。
　　冀不纳，而纵放日滋，遂复赂遗左右，交通宦者，任其子弟、宾客以为州郡要职。穆又奏记极谏，冀终不悟。报书云：“如此，仆亦无一可邪？”穆言切，然亦不甚罪也。
　　永兴元年，河溢，漂害人庶数十万户，百姓荒馑，流移道路。冀州盗贼尤多，故擢穆为冀州刺史。州人有宦者三人为中常侍，并以檄谒穆。穆疾之，辞不相见。冀部令长闻穆济河，解印绶去者四十余人。及到，奏劾诸郡，至有自杀者。以威略权宜，尽诛贼渠帅。举劾权贵，或乃死狱中。有宦者赵忠丧父，归葬安平，僭为玙璠、玉匣、偶人。穆闻之，下郡案验。吏畏其严明，遂发墓剖棺，陈尸出之，而收其家属。帝闻大怒，征穆诣廷尉，输作左校。太学书生刘陶等数千人诣阙上书讼穆曰：
　　伏见施刑徒朱穆，处公忧国，拜州之日，志清奸恶。诚以常待贵宠，父兄子弟布在州郡，竞为虎狼，噬食小人，故穆张理天网，补缀漏目，罗取残祸，以塞天意。由是内官咸共恚疾，谤讟烦兴，谗隙仍作，极其刑谪，输作左校。天下有识，皆以穆同勤禹、稷而被共、鲧之戾，若死者有知，则唐帝怒于崇山，重华忿于苍墓矣。当今中官近习，窃持国柄，手握王爵，口含天宪，运赏则使饿隶富于季孙，呼噏则令伊、颜化为桀、跖。而穆独亢然不顾身害。非恶荣而好辱，恶生而好死也，徒感王纲之不摄，惧天网之久失，故竭心怀忧，为上深计。臣愿黥首系趾，代穆校作。
　　帝览其秦，乃赦之。
　　穆居家数年，在朝诸公多有相推荐者，于是征拜尚书。穆既深疾宦官，及在台阁，旦夕共事，志欲除之。乃上疏曰：“案汉故事，中常侍参选士人。建武以后，乃悉用宦者。自延平以来，浸益贵盛，假貂珰之饰，处常伯之任，天朝政事，一更其手，权倾海内，宠贵无极，子弟亲戚，并荷荣任，故放滥骄溢，莫能禁御。凶狡无行之徒，媚以求官，恃势怙宠之辈，渔食百姓，穷破天下，空竭小人。愚臣以为可悉罢省，遵复往初，率由旧章，更选海内清淳之士，明达国体者，以补其处。即陛下可为尧、舜之君，众僚皆为稷、契之臣，兆庶黎萌蒙被圣化矣。”帝不纳。后穆因进见，口复陈曰：“臣闻汉家旧典，置侍中、中常侍各一人，省尚书事，黄门侍郎一人，传发书奏，皆用姓族。自和熹太后以女主称制，不接公卿，乃以阉人为常侍，小黄门通命两宫。自此以来，权倾人主，穷困天下。宜皆罢遣，博选耆儒宿德，与参政事。”帝怒，不应。穆伏不肯起。左右传出，良久乃趋而去。自此中官数因事称诏诋毁之。
　　穆素刚，不得意，居无几，愤懑发疽。延熹六年，卒，时年六十四。禄仕数十年，蔬食布衣，家无余财。公卿共表穆立节忠清，虔恭机密，守死善道，宜蒙旌宠。策诏褒述，追赠益州太守。所著论、策、奏、教、书、诗、记、嘲，凡二十篇。
　　穆前在冀州，所辟用皆清德长者，多至公卿、州郡。子野，少有名节，仕至河南君。初，穆父卒，穆与诸儒考依古义，谥曰贞宣先生。及穆卒，蔡邕复与门人共述其体行，谥为文忠先生。
　　论曰：朱穆见比周伤义，偏党毁俗，志抑朋游之私，遂著《绝交》之论。蔡邕以为穆贞而孤，又作《正交》而广其致焉。盖孔子称“上交不谄，下交不黩”，又曰“晏平仲善与人交”，子夏之门人亦问交于子张。故《易》明“断金”之义，《诗》载“宴朋”之谣。若夫文会辅仁，直谅多闻之友，时济其益，纻衣倾盖，弹冠结绶之夫，遂隆其好，斯固交者之方焉。至乃田、窦、卫、霍之游客，廉颇、翟公之门宾，进由势合，退因衰异。又专诸、荆卿之感激，侯生、豫子之投身，情为恩使，命缘义轻。皆以利害移心，怀德成节，非夫交照之本，未可语失得之原也，穆徒以友分少全，因绝同志之求；党侠生敝，而忘得朋之义。蔡氏贞孤之言，其为然也！古之善交者详矣。汉兴称王阳、贡禹、陈遵、张竦，中世有廉范、庆鸿、陈重、雷义云。