10月26日，拿破仑离开巴黎。11月3日，抵达巴荣纳。8日，到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。
　　这时，西班牙人的部队状况给拿破仑的反攻提供了良好机会。西班牙各种正规的和非正规的部队已达到11．5万人，但其装备恶劣，纪律欠佳。他们的兵力分成五、六个独立单位，没有任何集中的指挥或参谋机构。各地方指挥官彼此妒嫉，难以合作。拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的"流氓"部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保普通过维托里亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克托、苏尔特、勒菲弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙人全部赶出去。这三军果然不负拿破仑的重望，一路上如秋风卷残叶般地横扫过去，西班牙军纷纷溃退。12月4日，法国终于攻下了马德里。
　　与此同时，约翰·穆尔爵士率领3万英军进入西班牙。12月10日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法国交通线。当时苏尔特只有18000人，数量上处于劣势。12月21日，两国旗兵相遇，法国旗兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。原来，法军重新成为马德里的主人之后，拿破仑决定乘胜进至塔古斯河谷，把英国人赶出葡萄牙。就在这时，英军已进入了西班牙，拿破仑立即改变计划，向西北进军，准备把英国人赶入海中。他留下约瑟夫国王和第一、第四两军驻守塔古斯河谷，自己于12月22日，以内伊为前卫，率军42000人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。在法军攻击下，英军加快撤退速度。1809年1月3日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：奥地利将在春天发动进攻。没有拿破仑的亲自指挥，战果逊色不少。苏尔特在追击英军的过程中，虽使穆尔身负重伤，但未能阻止其主力部队登船撤走。而且，英军不久又重新出现在葡萄牙。
　　此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。1809年1月27日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了3个星期，法军士兵不分青红皂白屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了2万名守卫部队和3万多名城市居民。拉纳元帅是位骁勇的骑兵，他曾参加过拿破仑指挥的所有激烈的战斗，在他的头脑中几乎没有"恐惧"二字，然而，他却被眼前可怕的情景震动了，无数具男人、女人和儿童的尸体并排躺在血流成河的街道上，整个城市死一般的寂静。拉纳不无感慨地对身边的人说：“这是怎样的一场战争啊！我们被迫要杀死这样勇敢的人们，即使他们是疯狂的人们，这场胜利也只能使人感到忧伤！”
　　西班牙的战争远未结束，反法烈火在1809年春仍在熊熊燃烧。英勇无畏的西班牙人民拖住了拿破仑30万精锐部队，拿破仑从此不得不承受由于自己的野心所造成的沉重负担。