八月，平定辽东叛乱，斩公孙渊父子。
　　景初三年（公元239隼）六十岁
　　正月，司马懿回军至白屋。明帝病重，三日内五道圣旨诏懿还京师。于嘉福殿接受明帝托孤之任，同曹爽共同辅佐齐王曹芳。
　　曹芳即位，曹爽为大将军，司马懿仍为太尉，迁侍中持节、都督中外诸军事，录尚书事与爽各领兵三千，轮流进宫宿卫，权势相当。
　　司马师为散骑常侍，司马昭为骑都尉。
　　正始元隼（公元240年）六十一岁
　　司马懿上书谏议禁止“官室制度靡费”，提倡“节用务农”。
　　正始二隼（公元241年）六十二岁
　　五月，吴兵三路犯魏。六月，司马懿请缨督军迎敌，以精锐部队轻骑急进，使吴军闻讯夜遁。魏军追到三州口，斩俘敌军万余，缴舟船军资而还。秋七月，增封食郾城、临颖，并前四县，邑万户，子弟十一人皆列侯。
　　正始三年（公元242年）六十三岁
　　春，帝追封司马防为舞阳成侯。
　　三月，司马懿建议修广漕渠，引黄河水人沛水，灌溉东南各地。
　　开始大规模的开垦，迅速发展淮北农田。
　　曹爽为独揽大权，使魏帝不诏，迁懿为太傅，外示尊崇，实夺其权。
　　正始四年（公元243年）六十四岁
　　九月，司马懿率军击吴将诸葛格，格惧，黄烧积到聚，弃城而逃。
　　司马懿大兴屯垦，广开淮阳、百尺二渠，再修颖川诸陂万余顷农田，使淮北自此食凛充实。
　　正始五年（公元244年）六十五岁
　　春正月，司马懿从淮南至京，魏帝劳军。
　　大将军曹爽为猎取功名，在邓飏、李胜等怂恿下请旨伐蜀。懿认为不可。爽不听，结果劳民伤财，无功而还。
　　正始六年（公元245年）六十六岁
　　秋八月，曹爽为了扩充实力，不顾司马懿的劝阻，撤了原明帝建制的中垒中坚营，将兵马归于其弟中领军曹奏营。
　　冬十二月，帝诏司马懿朝会可乘舆上殿。
　　正始七年（公元246年）六十六岁
　　正月，吴军骚扰魏祖中地区，当地百姓万余家，北渡污水逃难。
　　曹爽不听司马懿“收留安抚逃难百姓”的意见，把百姓遣返污南。结果，吴破祖中，损失百姓万余。
　　正始八年（公元247年）六十岁
　　四月，夫人张氏去世，享年59岁，葬洛阳高原陵，追赠广平县君。
　　五月，曹爽专擅朝政，把太后迁往永宁宫。司马懿称病蜇居，静待时机。
　　正始九年（公元248年）六十九岁
　　春三月，曹爽等密谋篡政。司马懿洞悉其好，佯装病势垂危，麻痹曹爽等。
　　嘉乎元年（公元249年）七十岁
　　春正月初九，魏帝赴高平陵渴拜祖陵。曹爽兄弟随往。司马懿乘机奏准太后，下令废黜曹爽兄弟。正月末，诛杀曹爽兄弟三人及何晏等三族。
　　二月，魏帝命司马懿为丞相，增封颖川之繁昌、鄢陵、新汲、父城，并八县，邑二万户。十二月，加九锡之礼，懿固辞不受。
　　嘉平二年（公元250年）七十一岁
　　正月，魏帝命司马懿在洛阳建立祖庙，并封其子司马彤为平乐亭侯，司马伦为安乐亭侯。司马懿积劳成疾，不能上朝，每遇大事，魏帝亲幸懿府商讨。
　　嘉平三年（公元251年）七十二岁
　　春正月，兖州刺史令狐愚和太尉王凌密谋纂逆拥立楚王曹彪。四月，司马懿率军前往讨伐平叛。帝封司马懿为相国，安平郡公，前后食邑五万户，子弟封侯者达十九人。六月，司马懿病重。八月，死于京师。终年七十二岁。九月，按其生前所瞩，土葬于首阳山，不起坟头，不立碑，不随葬祭品，死后遗孀不得与其合葬。逝后赐谥号“文宣”。晋立，追为宣帝。