慈禧太后正式召见众大臣，在皇帝的病床前，慢慢地说：昨天在西暖阁，众爱卿叩请太后训谕临政，恐让皇帝烦心，没有告知。今天，诸王大臣在此，面奏皇帝，请皇帝不要烦躁，好生养病。诸卿不要害怕，皇帝已经允准了！
　　同治皇帝举起手臂，咕哝一声什么，谁也没有听清。他的牙齿开始发黑，皮肤上的颗粒极其饱满充足。大臣们以为是喜兆，个个面带喜色，一一告退。
　　同治皇帝是一位性喜渔色、嬉嬉哈哈的皇帝，对于自己的病情，他一点也没有心理准备，他只觉得经过御医调养，很快就会康复，重掌大权。
　　十一月十日，慈禧太后以皇帝的名义，正式发布上谕，宣布皇太后第二次垂帘临政：
　　朕于本月遇有天花之喜，经惇亲王等合词吁恳，静心调摄。朕思万几至重，何敢稍涉安逸？惟朕躬现在尚难耐劳，自应俯从所请。但恐诸事无所禀承，深虞旷误，再三恳请两宫皇太后，俯念朕躬正资调养，所有内外各衙门陈奏事件，呈请披览裁定，仰荷慈怀曲体，俯允权宜办事，朕心实深感幸。将此通谕中外知之。
　　这道圣谕，意味着慈禧太后正式重新执掌权力。她要做的第一件，就是命令兵部尚书宝鋆由协办大学士晋升为大学士。经过精心的策划和准备，慈禧太后开始了一系列的行动。
　　十一月十五日，发布3道谕旨：
　　第一道：同治皇帝之慧妃、瑜嫔、珣嫔、贵人西林觉罗氏，各晋一级；
　　第二道：各王公大臣加官晋级，厚赏军机大臣、御前大臣等近侍、官员；
　　第三道：除重大罪犯之外，大赦天下，监狱犯人从轻发落。
　　十一月十六日，又发布2道谕旨：
　　第一道：道光皇帝之彤妃等，各晋一级；
　　第二道：咸丰皇帝之丽皇贵妃等，各晋一级。
　　这些加官晋级的谕旨，显然是对慈禧太后重新执政的报偿，先帝妃嫔、王公大臣晋级加官，皆大欢喜。当然，最为高兴的还是那些为慈禧太后办事的王公大臣：
　　内廷行走之惇亲王，著食亲王双俸；
　　恭亲王前经赏食亲王双俸，著再赏加亲王俸一份；
　　醇亲王，著赏食亲王双俸；
　　孚郡王、惠郡王，均著赏食亲王俸；
　　郡王衔贝勒载治、载 ，著赏食郡王衔；
　　贝子衔奉恩镇国公，著赏食贝子俸；
　　御前大臣科尔沁亲王，著赏食蒙古亲王双俸；
　　郡王衔贝勒奕劻，著赏食郡王俸；
　　固伦额驸公景寿，著赏食贝子衔；
　　御前行走贝勒载漪、贝勒载滢，均著赏食郡王衔；
　　军机大臣、御前大臣、内务府大臣、弘德殿行走、南书房行走等大臣，均特旨厚赏。
　　同治皇帝生命垂危，在病床上苦苦挣扎。他的母亲慈禧太后却大赦天下，给王公大臣加官晋级，朝廷一片欢腾，人人喜气洋洋。
　　慈禧太后接着封赏：直隶总督李鸿章晋文华殿大学士，文祥晋武英殿大学士，宝鋆晋体仁阁大学士。
　　这些封赏还不算完，慈禧太后想到了诸天众圣，于是，天恩浩荡，她也大加封赏。
　　内务府奏称：已行文礼部，诸天众圣，皆加封讳，乾清门上陈设龙船九副，大清门外砌洗池，方径十丈许也。
　　32
　　皇帝师傅牵挂着皇帝的病情，他忧虑地写道：连日，皆以祈祷为事。
　　恭亲王也对皇帝的病情十分忧虑，他一再指示太医院，一定要确诊皇帝的病情，一定想办法治好。可是，太医院的药方，都要送呈核验，宫内确定的天花之病，就要按照天花下药。药不对症，不仅无济于事，还加重了皇帝的病情。
　　恭亲王想请西医诊治，慈禧太后没有任何答复。
　　美国公使知道同治皇帝的病况，在给本国政府的报告中明确地说：同治病，若以西医及科学方法诊治，决无不可医之理！决非不治之症！
　　同治皇帝的病情，时好时坏。帝师翁同龢先后六次目睹了皇帝的病情，并作了如实记录：
　　第一次是十一月初八日，翁同龢进入养心殿东暖阁后，三叩首，拜见皇帝。两宫皇太后坐在皇帝躺卧的御榻上。
　　翁同龢写道：
　　上舒臂令观，微语曰：谁来此？伏见天颜温悴，偃卧向北，花极稠密，目光微露。
　　御医脉案称：皇上天花九朝，浆渐苍老，盘晕赤色见退。惟浆后气血空泛，微感风凉，以致咳嗽、鼻塞，心虚不寐，浸浆皮皱，似有停浆不靥之势。
　　第二次是十一月初九日，翁同龢看见皇帝坐起，颜面皆灌浆饱满，声音有力，举臂以示，颗粒极足。
　　这一天的御医脉案称：
　　昨日情形大重，今已灌浆起顶，惟音哑胸堵。诸病尚未痊愈，心肾气通，交颈余毒未清，方用保元补气，炙耆、首乌、党参、白芍、炙草、款冬、枣仁……。
　　第三次是十一月二十二日，这一天风和日丽，天气晴好，空气中仍然颇有寒意。
　　翁同龢写道：
　　昨日瞻仰，神情兴致皆可，腰间两小穴，一流水一干，起坐略不便也。
　　这一天的御医脉案称：
　　皇上脉息缓滑无力，腰疼稍减，稀汁渐浓。惟红肿未消，溃破流汁，咳嗽口渴，夜寐不沉，其余各处痘痈已溃而毒未净者，有未溃而脸肿者。
　　第四次是十一月二十八日，辰正时刻进见。
　　翁同龢写道：
　　上离座榻上（枕一中居），两宫太后亦坐，命诸臣一一上前。天颜甚悴，目光炯然，痂犹有一半未落。
　　这一天，皇帝问：今日何日？
　　大臣回答之后，皇帝叹息，说：腊月了，有许多事要办！
　　大臣们跪伏流泪，叩请皇帝静心调养，不要思虑太多！
　　皇帝突然说：胸中好热！
　　众人来到明间，慈禧太后忧虑地说：现在，皇帝流汁过多，精神萎顿，众卿有何良策？
　　大臣们泪流满面，翁同龢进奏说：圣虑焦劳，应择良医为上。
　　言语很少的荣禄进奏：有位神医，名叫祁仲，今年89岁了，专治外症，听说很效验，可传来诊治。
　　慈禧太后说：传来看看。另外，只许诊治，不许记录，所有人都不许记录！
　　翁同龢写道：
　　上侧卧，御医揭膏药挤脓，脓已半盂，色白，比昨稍稠而气腥。漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，视之可骇。午初，祁仲到，命诸臣随入殿。良久，祁仲与李德立等入，半时许，视毕。宣召至西暖阁问状，余等未与，恭、醇两王入……祁仲言，此痈发处尚小，肾俞，在肾俞下，而翼而治……
　　这一天御医脉案称：
　　皇上脉息弦数无力，肾俞发浆，汁多出，阴虚水亏生热，心肾不交，以致日晡发热，寐虚恍惚，胸满嘈杂。
　　这是说病毒血行散播，肾间出现并发症，有败血症的表现。
　　第五次是十二月初二日，这一天天气晴好，刮起了大风。
　　翁同龢写道：
　　上卧甫醒，近至榻前，细细瞻仰，则两颊肿大，唇鼓色红，虚火满面，目光极好。平卧一下语外，云不思食，尚思睡也。
　　御医称：所下（大便）尽是余毒，口糜，又虑成走马疳，温补断不可进。
　　御医脉案称：肾俞及各处痘痈，俱见正脓红活，颊颐肿势渐消，惟唇腮硬肿牙龈黑糜，舌干口臭，大便黑粘，糟粕肿臭，次数亦减。
　　第六次是十二月初五日，天气晴好，寒气袭人。